Von Zeit zu Zeit ist es sinnvoll, am besten per cron Job automatisiert, ein Backup der lauffähigen Instanz durchzuführen:

Schritt 1 - Backup des Verzeichnisses

tar -cpzf typo3_`date +"%w"`.tar.gz -C /var/www/<Verzeichnis der TYPO3 Instanz>/ .
 

Schritt 2 - Backup der Datenbank

mysqldump -u root -p typo3 > backup-typo3.sql
 

Wichtig dabei ist es, dies zu einem Zeitpunkt zu tun an dem wenig Last herrscht und ohne im Backend eingeloggt zu sein. Sonst wird eine gerade gestartete Operation eventuell dazu führen, dass ein späteres Restore nicht mehr möglich ist.